「通知内容を設定する」機能を利用した場合、通知メールの送信者のアドレスはどのアドレスになりますか？

利用者の設定アドレス、あるいはアルファオフィスので用意しているシステムのアドレス、どちらかで選択できるようになっています。
「基本設定]＞[通知メール送信者アドレス設定]にて設定可能です。